Das Museum im Lagerhaus ist im Mai 1988 eröffnet worden. Trägerin ist die Stiftung für schweizerische Naive Kunst und Art Brut, die am 1. Februar des gleichen Jahres von den Sammlerehepaaren Erna (1907 - 1995) und Curt Burgauer (1908 - 2002), Wilhelmina und Josef John sowie Simone Schaufelberger-Breguet errichtet worden ist. Zwanzig Jahre lang haben Simone Schaufelberger als Leiterin und Peter Schaufelberger als Präsident des Stiftungsrates das Museum weitgehend ehrenamtlich geführt und eine umfangreiche Sammlung aufgebaut. Ebenfalls ehrenamtlich arbeiten das Museumsteam und der Stiftungsrat.
Anfang 2008 hat Dr. Monika Jagfeld die künstlerische und die Gesamtleitung des Museums im Vollamt übernommen; administrative Leiterin in Teilzeit ist seit Mitte 2010 Yvonne Hauser. Catrina Sonderegger ist seit Herbst 2010 als Assistentin der Museumsleitung angestellt.
Stiftung und Museum haben zum Ziel, Interesse und Verständnis für die verschiedenen Bereiche der Outsider Art zu wecken und zu fördern.